Arhitekti su svoju zgradu dodali zgradi Maria Botte, sagrađenoj 1995. godine, dok su interijeri novih i starih zgrada spojeni zajedno. Promjene koje su zahvatile jedno od najpoznatijih djela Botte izazvale su mješovite reakcije. Na primjer, biro Snøhetta zamijenio je svoje stubište u "ikoničnom" središnjem okruglom tornju svojim, po njihovom mišljenju, ne sprečavajući sunčeve zrake da uđu u unutrašnjost kroz "okulus" koji dovršava toranj - što je učinio njegov prethodnik.
Međutim, ni uprava muzeja ni arhitekti rekonstrukcije ne fokusiraju se na pitanja autorskih prava, zadržavajući ključne moderne zgrade netaknutima, itd. U prvi plan stavljaju povećanje površine SFMOMA-e za više od dva puta, do 42,7 hiljada m2, i bližu vezu muzeja s gradom. Sada se tamo može doći s nekoliko točaka odjednom, a na donjim nivoima nalaze se prostrana predvorja u koja se može ući bez kupnje karte, iako su izložena umjetnička djela. Ovim potezom, kao i besplatnim pristupom za posjetioce starije od 18 godina, SFMOMA želi privući onu publiku koja obično nije zainteresirana za suvremenu umjetnost ili muzeje uopšte.
Takođe za poboljšanje kvaliteta muzejskog okruženja otvorene su terase sa skulpturama i terasama za gledanje, najveći javni zeleni zid u Sjedinjenim Državama (19.000 biljaka, uglavnom tipičnih za kalifornijske šume), amfiteatralno stepenište obloženo drvetom javora u predvorju, koje treba postati popularno mjesto sastanka i komunikacije građana, kao i fasada - 700 ploča od polimera ojačanog stakloplastikom. Ovaj zid zavjesa je najveći za ovaj materijal u Sjedinjenim Državama, prije se nisu usudili koristiti takve ploče iznad 4 kata. Bijele reljefne fasade nadahnute su valovima i maglom zaljeva San Francisco.
Zgrada tvrdi da je LEED Gold. Njegove ekološke komponente uključuju potpuno LED sistem osvjetljenja (koji također omogućuje kustosima da fino podešavaju svjetlost), zeleni zid koji hladi i pročišćava zrak u unutrašnjosti, ostakljenje visokih performansi prvog kata (umjesto toga izrađeni tanki čelični profili od fabrički izrađenih aluminijuma ne zasjenjuju unutrašnjost, dok ga rešetkasto staklo štiti od pregrijavanja, poseban premaz štedi od ultraljubičastog zračenja, zračni otvor služi za toplotnu izolaciju itd.), "vrtlarski" računar za zeleni zid (senzori nadgledaju vlažnost, količinu hranjivih sastojaka, kiselost, dok se voda strogo štedi u skladu sa zakonima sušice pogođene Kalifornije). Obezbeđena je i zaštita od buke: plafoni su prekriveni malterom koji apsorbuje zvuk sa dodatkom staklenih iverja, drveni paneli na stepenicama opremljeni su rupama i žljebovima koji igraju istu ulogu.
