Projekt je započeo 2001. godine: 1999. godine kontrola nad Panamskim kanalom prebačena je sa Sjedinjenih Država na panamske vlasti, a istovremeno se postavilo pitanje o novoj upotrebi susjednih teritorija. Jedan od odjeljaka - koji je prethodno zauzimala američka zračna baza - dodijeljen je muzeju. Izgradnja je započela 2006. godine, ali tek početkom ovog oktobra Biomuseo je otvoren za javnost - iako još ne u potpunosti: nekoliko dvorana i akvarij bit će spremni tek zimi 2016. godine.
Muzej bi svojim živopisnim aluminijumskim krovom trebao podsjećati na živahnu prirodu Paname, metalne krovove lokalnih koliba i povijesne strukture kanalske infrastrukture. Smještena na uskom poluostrvu izbočenom u zaljev, zgrada je vidljiva izdaleka i sama svojim posjetiteljima može ponuditi panoramski pogled na grad i pacifička "ušća" Panamskog kanala.
Trajanje izgradnje muzeja, koje su mještani prozvali "muzej koji nikada neće biti završen", između ostalog objašnjava i niska kvalifikacija lokalnih graditelja. Grubi beton podova i zidova morao je više puta izlijevati, a krov sa tolerancijama od 6 mm također je predstavljao puno poteškoća.
Međutim, sada muzej nije samo uspješno izgrađen, već je gotovo u potpunosti ispunjen izložbom "Most života", koju je dizajnirao Bruce Mau. Smithsonian Institution u Washingtonu bio je odgovoran za znanstvenu stranu projekta, a Biomuseo je postao jedini muzej partner izvan Sjedinjenih Država.
Muzej je posvećen neverovatnoj prirodnoj raznolikosti Panamske prevlake: sa površinom od 75.000 km2 dom je za više vrsta ptica, sisara, gmazova i biljaka nego u Sjedinjenim Državama i Kanadi zajedno. Pored toga, izlaganje detaljno govori o procesu formiranja prevlake koji je započeo prije 12 miliona godina, a završio prije 3 miliona godina. Njegov izgled promijenio je ekosisteme i klimu na planetarnoj skali: umjesto jedinstvenog okeana, nastali su sasvim drugačiji Atlantik i Tihi ocean, Golfska struja "krenula" je iz novonastalog Karipskog mora, a Sjeverna i Južna Amerika ujedinile su se prvi put u 70 miliona godine. Aktivna migracija životinja započela je duž prevlake, a relativno nedavno, prije 15 000 godina, prvi ljudi su prošli ovaj put od sjevera do juga.
Biomuseo, koji je koštao 95 miliona dolara (ne računajući troškove još nedovršenih izložbenih dvorana), namijenjen je prvenstveno školarcima (planira se tamo dovesti 40.000 učenika godišnje na besplatne izlete) i turistima, budući da je terminal broda za krstarenje veoma blizu. U idealnom slučaju, vlasti očekuju "efekat Bilbaa" od muzeja. Prema njihovom planu, trebao bi postati isti simbol grada Paname i države Panama, što je Utsonova opera postala za Sydney i Australiju.
