Projekt obnove sponzorirali su Španjolci Cruz y Ortiz, izložbu je dizajnirao Jean-Michel Wilmotte, a restauraciju je izveo Van Hoogevest Architecten. Zadatak arhitekata bio je prilagoditi glomaznu zgradu u glavnom toku eklekticizma, koju je 1885. izgradio Petrus (Pierre) Kuypers, za potrebe muzeja 21. stoljeća. Bujna unutrašnjost odvlačila je pažnju sa eksponata, nije bilo dovoljno prostora ni za izložbe ni za prateći program, bilo je nemoguće urediti stalni postav po jedinstvenom sistemu itd.
Sada su svi eksponati od 12. do 20. stoljeća poredani u strogom kronološkom redoslijedu, po podovima odozdo prema gore, a hronologija je podržana shemom boja: boja na zidovima postepeno posvjetljuje dok se kreće prema gore, dostižući gotovo bijela u dvoranama moderne umjetnosti. Istovremeno, svi su radovi raspoređeni na nov način, sa izuzetkom najvažnijeg - "Noćne straže" Rembrandta, koja se vratila na svoje nekadašnje mjesto u "Počasnoj galeriji", gdje su se nalazili radovi Zlatne Izloženo je doba holandske umjetnosti.
Arhitekti su, prema već uspostavljenoj šemi u muzejskoj gradnji, blokirali dva dvorišta zgrade staklenim krovovima, a takođe ih produbili do nivoa -1 sprata, prethodno uklonivši kasnije dogradnje koje su ih zauzimale. Zatim su ispod jednog dvorišta postavili gledalište, a pod drugo dvorište muzeja i kafić. Dvorišta su se pretvorila u prostrane javne prostore kojima se može pristupiti i bez kupovine karte. Njihovi zidovi tvore dvorišne fasade muzeja, a nove površine su obložene kamenom svijetle boje. Antonio Cruz i Antonio Ortiz uzeli su u obzir grešku Normana Fostera, u čijem se dvorištu Britanskog muzeja bilo koji zvuk jasno čuje, pa čak i odjekuje, pa u muzeju Rijksmuseum buke prigušuju bijele rešetke s materijalom koji upija zvuk ovješenim o stropove..
No, glavni problem arhitekta bio je spoj dva dvorišta u jedinstvenu cjelinu. Povijesna zgrada ima hodnik za pješake i bicikliste u središtu fasade, što omogućava brzi prolaz kroz zgradu. Projektom obnove predviđeno je pretvaranje u glavni ulaz u muzej, objedinjavanje oba dvorišta, ali su se stanovnici pobunili, a sada je hodnik sačuvan u izvornom obliku, muzeju se može pristupiti kroz četiri mala ulaza, a postavljen je i podzemni prolaz ispod nje, povezujući dvorišta međusobno.
Muzej je zatvoren za rekonstrukciju 2003. godine, a trebao bi se otvoriti već 2008. Desetogodišnji period rada objašnjava se činjenicom da su se morali uložiti titanski napori za izgradnju podzemnih nivoa na tlu ispunjenom vodom Amsterdama i nije bilo izvođača za tako složen projekat. Inženjeri Arcadisa učinili su nove podzemne dijelove zgrade strukturno neovisnim od povijesne strukture, jer ona polako popušta. Stoga su prizemni hodnik i "počasna galerija" smješteni iznad podzemnog prolaza između dvorišta sada pretvoreni u "most" koji je visio preko njega. Iskopane jame odmah su se napunile vodom, pa su se za podvodne radove sipale posebnim betonom, a proces su kontrolirali ronioci.
Budžet projekta bio je 375 miliona eura, ali uključuje i izgradnju zasebnog paviljona azijske umjetnosti, smještenog u središtu ribnjaka, adaptaciju parka u vrt skulptura po projektu Copijn Landschapsarchitecten (14.500 m2), izgradnja službene ulazne zgrade, rekonstrukcija istorijske škole crtanja (Teekenschool) kao muzejskog obrazovnog centra, kao i izgradnja zgrade muzejske radionice u blizini Rijksmuseuma, spojene sa drugom Kuypersovom zgradom - bivšim Zavodom za Sigurnost i zdravlje na radu.
Ali obnova muzeja još nije dovršena: ostao je otvoren za vrijeme obnove
krilo Philipsa sada će biti pretvoreno u moderni privremeni izložbeni prostor. Autori projekta su također Cruz y Ortiz.
