Zgradu je dizajnirao meksički arhitekt Michel Rojkind, od kojeg su vlasnici u početku zatražili da dizajnira natkriveni prolaz između proizvodnih zgrada za posjetioce tvornice.
Ali Rohkind je predložio da se tamo sagradi čitav muzej (međutim, izduženog plana i koji ima povezujuću funkciju). Prije nego što vlastitim očima vide proizvodnju čokolade, izletnici, uglavnom djeca, moći će u malom gledalištu slušati povijest ovog divnog proizvoda, a zatim posjetiti muzejsku trgovinu. Nakon toga proći će dugim tunelom do tvorničke radionice.
Zgrada površine 634 kvadratnih metara m dostiže 300 m dužine i vijuga teritorijom industrijskog kompleksa, poput ogromnog jarko crvenog čudovišta. Sam arhitekta to upoređuje sa origami papirnatom skulpturom, svemirskim brodom ili "halbrihom" - fantastičnim bićem meksičkog folklora. U unutrašnjosti je većina soba potpuno bijela, osim "pozorišta" sa podovima od zelenih tepiha i sjedećim pločicama sa čokoladom.
Muzej je dizajniran i izgrađen za samo dva i po mjeseca; za to su arhitekte i radnici morali raditi danonoćno, prekidajući svaki dan u tri osmosatne smjene.
