Istaknuti danski arhitekta umro je u snu ujutro 29. novembra u 90-oj godini. Njegov doprinos arhitekturi 20. vijeka je višeznačan, ali prije svega njegovo ime povezano je sa zgradom Opere u Sydneyu, jednom od prvih "ikoničnih" zgrada u punom smislu te riječi. Istovremeno, za samog Utzona pobjeda na konkursu za dizajn ove konstrukcije 1957. godine postala je ne samo put ka svjetskoj slavi, već i ozbiljno razočaranje: zbog neslaganja s australijskim vlastima, morao je napustiti Projekt 1966. Nikada nije posjetio svoju najpoznatiju kreaciju, iako je krajem 1990-ih ponovo zatražio pomoć u rekonstrukciji unutrašnjosti pozorišta, prvobitno napravljenoj ne prema Utzonovom planu, već prema planovima lokalnih arhitekata.
Godine 2003. dodijeljena mu je Pritzkerova nagrada, u velikoj mjeri zahvaljujući operi u Sydneyu: žiri je primijetio smjelost njenog dizajna i njegovu važnu ulogu kao dokaz neograničenih mogućnosti arhitekte i arhitekture.
U isto vrijeme, od 1950. godine, kada je Utzon osnovao svoju radionicu u Kopenhagenu, realizirao je mnoge svoje zgrade u različitim zemljama svijeta. U svojim inovativnim projektima koristio je prirodne forme, elemente tradicionalne arhitekture, zakone matematike.