Muzejski kompleks je rekonstruirana elektrana s početka 20. stoljeća, zidana struktura s neoklasičnim štukaturnim ukrasom, u koju su ugrađeni kristalni oblici karakteristični za Libeskind. Izvana čitaju poput kubičnih i izduženih plavih volumena nehrđajućeg čelika koji vire iz poda zgrade. Oni su u obliku dva slova hebrejske abecede - "šešir" i "jod", koji zajedno čine moto Libeskindovog projekta L'Chaim, što znači "životu". Međutim, oni su čitljivi samo ako zgradu pogledate odozgo, što je nedostupno prosječnom posjetitelju muzeja.
U predvorju muzeja zid nasuprot ulaza obložen je istaknutim reljefnim linijama čineći riječ "pardes", što znači "rajski vrt", a također simbolizira četiri nivoa razumijevanja Tore. Ali ovaj se element projekta također teško doživljava zbog oštrih zavoja u prostoru predvorja.
Na glavnom - prvom sloju kompleksa - nalazi se i gledalište (na čijem je stropu apstraktno prikazana karta Svete zemlje), obrazovni centar i galerije. Na drugom spratu nalaze se administrativne prostorije, kao i istoimena izložbena sala upisana u ogromnu kocku slova "jod", osvijetljenu kroz 36 poligonalnih prozora.
Libeskind sam naglašava razliku između zgrade u San Franciscu i njegovih jevrejskih muzeja u Starom svijetu: kalifornijska zgrada nema pečat katastrofe Holokausta, što je nužno prisutno u njegovim evropskim projektima. Bez obzira na to, jezik arhitekture Libeskinda ostao je isti: oštre, izlomljene linije koje su ranije simbolizirale istorijsku tragediju sada bi trebale predstavljati "nebeske kabine" napredne jevrejske dijaspore na pacifičkoj obali.
